O Comité do Projecto Baynes (BC) foi criado em 2005 com cinco membros de Angola e cinco da Namíbia, tendo a tarefa de supervisionar a actualização dos resultados dos estudos realizados na década de 1990 para avaliação da viabilidade da construção de importantes estruturas hidroeléctricas no Baixo Kunene. O BC deverá supervisionar a actualização do modelo matemático de forma a integrar novos requisitos e as mudanças no mercado da energia, bem como proceder a uma revisão abrangente das componentes técnico-económicas e ambientais do Estudo Baynes (Epupa) de 1998. O BC também aconselha a CTPC na planificação de campanhas públicas de informação e na garantia de que o público é mantido a par dos progressos do estudo.
Comité de Acordos Bilaterais é também constituído por representantes oficiais de Angola e da Namíbia. O comité tem a seu cargo o estudo e a análise dos artigos e disposições tanto do Acordo de 1964 como do Acordo de 1969 a fim de identificar os aspectos que se tornaram obsoletos, que precisam de ser melhor esclarecidos ou necessitam actualização. Quanto ao Acordo de 1969, o comité está também mandatado para apresentar recomendações específicas relativas à conclusão do Sistema Integrado do Rio Kunene.
Além disso, o comité tem também como tarefa considerar as necessidades e disponibilidade do uso dos recursos hídricos, direitos de uso, propriedade e todos os outros acordos bilaterais necessários para a execução do grande projecto hidroeléctrico do Baixo Kunene. O comité tem igualmente a seu cargo a investigação e a elaboração de uma proposta de um acordo global sobre usos futuros do rio, considerando o aumento previsto para a demanda de água e o estabelecimento de uma entidade bi-nacional de gestão para exercer o controlo necessário.